学院前身是原北京地质学院于1952年建校时成立的水文地质工程地质系；1992年，为适应学科发展需要，改名为环境科学系；1998年，校内院系调整，更名为水资源与环境工程系；2002年，升格为水资源与环境学院。经过70多年的建设和发展，现已成为我国以地下水为特色的，涵盖地质学、地质资源与地质工程、水利工程、环境科学与工程四个领域的高层次人才培养基地。学院的校友遍及自然资源、生态环境、水利、城建、交通、能源、化工和文物保护等行业，著名校友包括中国科学院院士汪集旸、程国栋和王焰新、中国工程院院士卢耀如和武强、原国土资源部副部长汪民、全国五一劳动奖章获得者卢明全、徐方等。新世纪以来培养的毕业生中，已有多名入选国家重大人才工程项目、国家杰青、国家优青、海外优青、国家海外青年高层次人才和各类省部级青年人才计划。

学院下设地下水科学与工程系、环境科学与工程系和水文与水资源工程系，参与建设地质学和地质资源与地质工程两个“双一流”学科，独立建设水利工程和环境科学与工程两个一级博士点学科，并设有博士后流动站。水文学及水资源获批北京市重点学科。设有4个本科专业：地下水科学与工程、水文与水资源工程和环境工程本科专业，全部通过工程教育认证，并入选国家级一流本科专业建设点；2022年新增环境生态工程本科专业。建有9个硕士专业和6个博士专业。硕士专业有地质学、水利工程、环境科学与工程、地质资源与地质工程、大气科学、生物学；专业硕士学位专业有环境工程、地质工程、水利工程。博士专业有地质学、水利工程、地质资源与地质工程、环境科学与工程；专业博士专业有环境工程、地质工程。学院每年招收博士研究生约60名，硕士研究生约200名，本科生约160名。

目前学院共有教职工85人，专任教师71人（含实验员），各类管理人员14人，其中专任教师中正高级职称27人，副高级职称28人，副高级以下职称16人，拥有国家海外高层次人才1人，“杰青”3人，“优青”3人，全国优秀博士论文指导教师1人，北京市优秀博士论文指导教师2人，教育部“新世纪人才”4人，中国地质学会金锤奖1人，银锤奖8人，自然资源部杰出青年科技人才3人。

学院拥有3个省部级实验平台和多个教学实验研究中心（基地）。2001年获批水资源与环境工程北京市重点实验室，2011年获批地下水循环与环境演化教育部重点实验室，2022年获批筹建地下水保护水利部重点实验室（筹）。设有水资源与环境工程实验室/教学中心、环境科学与工程研究中心，建有河北秦皇岛柳江盆地水文地质实习基地。

学院科学研究领域聚焦多尺度地下水循环机理、地下水资源评价与可持续利用、地下水与地表水作用机理及其生态效应、地质环境与人体健康、地热利用与碳减排、土壤 - 地下水污染控制与修复、污废水处理与综合利用、地质灾害与防治、地质环境效应评估及工程治理等方向。近10年，学院承担了国家重点研发计划项目和课题、国家水体污染控制与治理专项(水专项)项目和课题、国家自然科学基金重点项目、中国地质调查局工作项目等国家级、省部级重大项目，以第一完成单位获得教育部自然科学奖、自然资源科学技术奖、环境保护科学技术奖等奖项11项。

学院积极开展国内和国际学术交流。拥有“地下水演化机理及含水系统修复”、“矿冶固废污染防控与治理”两个高等学校学科创新引智（“111”）基地，开展了与美国、英国、德国、加拿大、日本、澳大利亚、荷兰、丹麦、以色列等国家在科研和人才培养方面的国际合作，每年邀请数十名国外著名学者来学院开办讲座或作学术报告，派遣学院教师出国进修和参加各种国际学术会议。与国内近20余个单位建立了产学研合作基地。

水资源与生态环境是21世纪人类社会生存和发展的主要问题。学院以地下水资源开发利用与生态环境保护为导向，以发展地下水科学理论和生态环境保护与修复技术为目标，培养“品德优良 基础厚实 专业精深 知识广博”的高水平、创新型人才，为建设国内领先、国际一流的地下水资源与环境领域教学科研中心而努力奋斗。