水文与水资源工程系起源于原北京地质学院1952年建校时成立的水文地质工程地质系，后以中国地质大学（北京）水资源与环境学院下设的水利工程学科建设部为雏形，在2023年成立本系。

本系承担“水文与水资源工程”本科专业的人才培养，每年招收本科生约35名。“水文与水资源工程”专业是在传统“水文地质”专业基础上，向水利工程领域拓展形成的，1998年开始招生，分别在2011年和2018年通过教育部工程教育论证，2013年入选教育部“卓越工程师培养计划”，2019年入选北京市一流本科专业建设点，2021年入选国家一流本科专业建设点。

本系承担水利工程学术型博士学位点、土木工程专业型硕士学位点水利工程方向的学科建设与人才培养，合作培养地质学、地质资源与地质工程等学科领域人才，形成了水文学及水资源、地下水科学与工程、水力学及河流动力学、生态水利与水环境保护为主要研究方向的学科体系，设立水利工程博士后流动站。每年招收硕士研究生约50名、博士研究生约10名，吸收进站博士后2-4名。

本系有专任教师24人，其中教授7人、副教授9人、讲师8人，拥有国家杰出青年基金项目获得者1人，全国优秀博士论文指导教师1人，教育部新世纪人才项目获得者3人，中国地质学会金锤奖获得者1人、银锤奖获得者3人，自然资源部杰出青年科技人才2人。本系发挥多学科深度交叉优势，为我国培养了大批“懂得地下水”的水利工程领域特色人才，在水利行业和自然资源、生态环境等行业部门发挥了重要作用，多名校友入选国家级、省部级高层次人才计划。

以“水资源与环境工程”北京市重点实验室、水利部地下水保护重点实验室（筹）、“地下水循环与环境演化”教育部重点实验室和自然资源部浅层地热能重点实验室(共建)为依托，本系深耕于流域水文预测预报与水资源评价、水资源开发利用与保护、地表水与地下水耦合机理、生态水文、岩土渗流力学与工程保护等研究领域，承担了一批国家重点研发计划、水利部重大科技项目、国家自然科学基金项目等国家级、省部级重要科研项目，获得高等学校科学研究优秀成果奖、自然资源科学技术奖、大禹水利科学技术奖等奖励，为国家水安全、黄河流域生态保护和高质量发展、京津冀协同发展等重大战略需求提供了关键科技支撑。