环境科学与工程系于2023年成立，由水资源与环境学院环境工程、环境生态工程专业教师组成，现有专任教师26人，其中正高级职称9人，副高级职称12人，拥有“杰青”1人，“优青”1人，北京市优秀博士论文指导教师1人，北京市科技新星1人，青年人才托举工程项目获得者4人。

本系主要负责环境工程和环境生态工程专业的人才培养，并依托我校环境科学与工程一级学科展开建设。环境工程专业通过国家工程教育认证并进入国家一流专业建设点；环境生态工程专业于2023年开始招生。本系拥有环境科学与工程一级学科和健康地学交叉学科博士学位授权点、环境科学与工程博士后流动站，以及环境科学与工程、资源与环境（环境工程）、大气物理与大气环境和生物学等硕士学位授权点。经过30余年的发展，在水污染控制、环境生物技术、环境监测与评价、水土污染修复等方面取得了可喜的教学和科研成果，2023年入选环境/生态学科全球1‰。

本系现已成为国内外环境科学与工程人才培养和科学研究的一流基地，培养的校友遍及自然资源、生态环境、城建、能源、化工和文物保护等行业。著名校友包括中国科学院院士汪集旸、程国栋和王焰新，中国工程院院士卢耀如和武强，原国土资源部副部长汪民，全国五一劳动奖章获得者卢明全和徐方等，已有多人入选国家重大人才工程项目、“杰青”、“优青”、海外“优青”和各类省部级青年人才计划。

以“水资源与环境工程”北京市重点实验室和“地下水循环与环境演化”教育部重点实验室为依托，本系先后承担了国家重点研发计划项目和课题、国家自然科学基金重点项目等国家级、省部级重大项目，并以第一完成单位获得教育部自然科学奖、环境保护科学技术奖等奖项，为国家生态文明建设、美丽中国建设、乡村振兴等重大战略提供了重要科技支撑。

本系与国内20余个单位建立了产学研合作基地。相关教师主持或参与“矿冶固废污染防控与治理”、“地下水演化机理及含水系统修复”两个高等学校学科创新引智（“111”）基地，在科研和人才培养方面与美国、英国、日本、韩国等国家开展了国际合作。