地下水科学与工程系主要负责“地下水科学与工程”专业的人才培养。“地下水科学与工程”专业前身为我校建校伊始设立的“水文地质工程地质”专业。“地下水科学与工程”是国家级特色专业,是国家级一流本科专业建设点以及国内首个通过“地下水科学与工程”工程教育认证的专业。本系依托我校地质学和地质资源与地质工程两个“双一流”学科展开建设,设有地质学、地质资源与地质工程博士后流动站。现有专任教师20人,其中正高级职称10人,副高级职称9人,讲师1人。拥有国家杰出青年基金项目获得者,国家优秀青年基金项目获得者、科技部中青年科技领军人才、教育部“新世纪人才”各1人,霍英东教育基金获得者2人。