学院近年来主持国家自然科学基金委杰青项目2项，优青项目2项，重点或者相当级别项目11项。
| 项目分类 | 项目名称 | 负责人 | 研究期限 |
| 国家杰出青年科学基金项目 | 区域水文地质学 | 蒋小伟 | 2025-2029 |
| 国家杰出青年科学基金项目 | 水文地质学 | 郭华明 | 2019-2023 |
| 国家自然科学基金-联合重点项目 | 黄河几字弯地下水超采区的生态约束和修复机制 | 王旭升 | 2025-2028 |
| 国家自然科学基金-重点项目 | 农林-钢铁-煤电产业多固废协同强还原环境微生物地球化学固化/稳定化有色金属采选冶复合污染机制研究 | 姚 俊 | 2023-2027 |
| 国家自然科学基金-联合重点基金 | 矿区土壤-微生物-植物系统中钒的迁移转化与阻控机理研究 | 张宝刚 | 2022-2025 |
| 国家自然科学基金-重点项目 | 碳氮硫循环驱动下地下水典型氧化还原敏感组分转化过程和富集机理 | 郭华明 | 2022-2026 |
| 国家自然科学基金-重点项目 | 鄱阳湖地区地下水氮的时空分布及其对水循环过程的响应 | 王广才 | 2021-2026 |
| 国家自然科学基金-重点项目 | 典型抗生素对地下水系统中反硝化过程的影响机理研究 | 刘 菲 | 2018-2022 |
| 国家自然科学基金-国际（地区） | 典型有色金属矿区重金属及有机选冶药剂复合污染的高效功能菌群原位矿化修复过程的微生物地球化学机制 | 姚 俊 | 2018-2022 |
| 国家自然科学基金-国际（地区） | 地下水中CKDu致病因子的富集机理、摄入途径及治理技术 | 郭华明 | 2018-2022 |
| 国家自然科学基金-联合重点基金 | 云南地区强震地下流体前兆特征及机理 | 王广才 | 2017-2020 |
| 国家自然科学基金-重点项目 | 漓江流域岩溶碳循环与水循环耦合机制及模型研究 | 胡晓农 | 2016-2020 |
| 国家自然科学基金-重点项目 | 渤海和胶州湾海底地下水排泄及其环境效应研究 | 李海龙 | 2015-2019 |
| 国家自然科学基金优秀青年科学基金项目 | 钒环境地质学 | 张宝刚 | 2021-2023 |
| 国家自然科学基金优秀青年科学基金项目 | 盆地地下水循环 | 蒋小伟 | 2016-2018 |
