学院建设6个一级学科，其中4个博士学位授权点和博士后流动站（包括水文地质、地质工程、环境科学与工程、水利工程）、2个具有硕士学位授权点（生物学和大气科学）。水文地质学1984年获批博士点（地质学为一级学科），2012为国家级重点学科；地质工程2001年获批博士点（地质资源与地质工程为一级学科）；环境科学与工程1998年获批二级学科博士点，2005年获批一级学科博士点，2003年获批博士后流动站；水利工程2011年获批一级学科博士点，2012年获批博士后流动站；2011年获批生物学硕士点；2022年获批大气科学硕士点。此外，2021年获批资源与环境专业博士点、土木水利专业硕士点以及健康地学交叉学科博士点。

学院建设4个本科专业，其中3个（包括地下水科学与工程、水文与水资源工程和环境工程）通过工程教育认证，并入选国家级一流本科专业建设点，1个2022年新增专业（环境生态工程）。前面3个专业均起源于1952年建校时建设的水文地质工程地质专业。为适应国家需求和学科专业建设需要，1994年学院把传统专业与环境相结合设立了环境工程专业，1998年与地表水相结合设立了水文与水资源工程专业；2006年为了凸显水文地质的特色，设立了地下水科学与工程专业；2022年为了进一步服务于国家生态文明建设，学院设立了环境生态工程专业。